El 22 d’agost de 1793, una delegació andorrana va anar a portar la quèstia —el tribut de caràcter biennal que, des del 1278 percebien els comtes de Foix (després reis de Navarra i de França)— als delegats republicans de Foix. Feia poc més de vuit mesos que Lluís XVI havia estat guillotinat: el receptor natural d’aquest vell impost feudal havia desaparegut violentament de l’escena. Els nous actors, els representants de la nova legalitat republicana als antics dominis centrals dels Foix, al departament de l’Arieja, van fer-los tornar cap a les Valls amb els diners. Van manifestar als delegats que aquell vincle medieval s’havia extingit en haver desaparegut la monarquia francesa. La nova França s’havia desfet d’una rèmora —difícil d’entendre— dels temps més remots de la medievalitat. Andorra quedava, doncs, lliure d’una de les dues potes de la seva cosenyoria, integrada pel cap de l’Estat francès i pel bisbe d’Urgell, sense haver-ho demanat mai.
Lluny de manifestar alleujament o alegria per haver-se deslliurat d’un llast del temps passat, les autoritats andorranes —encarnades en els vint-i-quatre membres del Consell General, a raó de quatre representants per parròquia— van viure aquesta nova situació amb una enorme incomoditat, que es va estendre a tota la població. Sense un dels dos coprínceps, l’equilibri institucional que havia garantit el manteniment d’un singular però eficaç statu quo durant més de cinc segles s’havia esquerdat, qui sap si per sempre. Els andorrans eren conscients que no podien quedar a mercè del bisbe d’Urgell com a senyor únic, i en les súpliques que van enviar als polítics de la Convenció parlaven de «l’autorité usurpatrice de l’évêque d’Urgell».
Les negociacions per restablir el vincle amb els successors de Roger Bernat III van durar, malgrat l’interès andorrà, tretze anys. El 27 de març de 1806, Napoleó va signar, «vu la demande des habitants de la vallée d’Andorre»— un Decret imperial pel que, en quatre articles, reprenia els pactes de la cosenyoria establerts al primer pariatge d’Andorra. Restablia la figura del veguer, màxima autoritat judicial, fixava l’import de la quèstia en 970 francs, obligava la prestació d’un jurament de fidelitat al prefecte de l’Arieja i —en una concessió important— hi afegia el reconeixement d’un Arrêt du Roi amb privilegis duaners amb França, del 1767.
Entre 1812 i 1814, en el marc de les campanyes napoleòniques sobre el regne d’Espanya, amb l’ocupació de Catalunya i la seva incorporació a l’imperi, Andorra va passar a formar part del departament del Segre. Tot i la relativa llunyania dels principals teatres d’operacions bèl·liques, i malgrat la voluntat de preservar la sagrada neutralitat de les Valls, les autoritats andorranes van haver de contribuir al manteniment de la plaça de Castellciutat, a tocar de la Seu, amb préstecs en diners i en espècies (herba i cansalada) que van renunciar a cobrar a les autoritats espanyoles. Tres anys després de la retirada francesa, el 1814, Ferran VII va publicar una reial ordre restaurant els privilegis comercials amb Andorra.
Al llarg d’aquest episodi, la principal conseqüència de la crisi política i militar va ser el reforç del Consell General com a garant de la sobirania d’Andorra, amb l’establiment d’una protodiplomàcia discreta i eficaç, contra dos estats —França primer i Espanya després— que havien posat en entredit una independència que enfonsava les seves arrels més enllà de la memòria dels homes.